1997年7月1日，香港回归祖国，原九龙海关也更名为深圳海关。为迎接深圳海关更名十周年，深圳海关通报了近10年来推行的一系列革新模式以及取得的成果。
　　 连续14年获得全国出口总值第一
　　 据深圳海关相关负责人介绍，香港回归十年来，深圳和香港合作领域不断扩大。深圳口岸进出口货物总值由1997年的500亿美元跃升至2006年的2939.4亿美元，占全国的16.7％，深圳已经连续14年获得全国大中城市出口总值第一名；1997年，深圳海关征收税款入库68.51亿元，2007年达到502.9亿元。1997年，深圳海关日均监管出入境人员21万人次，2007年则达到了47万人次，占全国的50％。1997年，深圳关区加工贸易进出口总值397亿美元，2006年则达到了1828.3亿美元，占全国的22％。
　　 开通全国首个24小时通关口岸
　　 从1997年香港回归至今，深圳海关开展了一系列通关作业改革。其中，启动24小时通关成为深港深度融合的重要标志。早在1994年，由于深港两地经济、文化、社会交流的不断密切，经国务院批准，深圳海关在皇岗口岸启动了货运渠道24小时通关。之后，为了适应香港回归后进出境旅客量大幅上升的需要，同时也为CEPA和港澳自由行提供基础条件，2003年1月，皇岗口岸旅检通道开始实行24小时通关，成为全国惟一货运、旅检24小时通关的陆路口岸。
　　 跃居世界第四大集装箱港口
　　 目前，深圳每天各口岸进出的车辆已达到4万辆次，为此深圳海关于2003年11月在皇岗、文锦渡和沙头角三大公路口岸全面实施通道自动核放系统，把原来车辆通过海关通道需时2分钟缩短为5秒钟，一举解决了公路口岸通道堵塞的问题。
　　 与此同时，海运集中查验也成为深圳物流业发展的助推器。2003年，深圳海关推出了海运口岸暂进空箱快速通关模式，大大提高了海运通关效率，降低了企业通关成本。到2004年，深圳港就以1300万标箱的吞吐量成为世界第四大集装箱港口，盐田港单港吞吐量更是跃居全国第一位。在此基础上，2006年，深圳海关在盐田港启用了集中查验模式，并对国际中转货物的通关流程进行了简化。新一轮海运通关改革的启动基本实现了查验货物当天递单、当天查验、当天放行，同时确保了国际转运货物的24小时申报及无查验指令情况下的落地放行、即卸即转。
　　 跨境通关助推物流业发展
　　 为促进两地物流发展，深圳海关与香港海关开展了跨境快速通关合作。首先是跨境空港物流快线，该快线于2005年8月启动运行，通过创新深港跨境陆路运输方式，实现深港两地机场空运货物通关的无缝连接；同时，2006年5月，深圳海关启动了深港物流绿色通道（海陆物流快线），作为实现深港两地货物跨境快速分流的专门通关方式。通关便利化措施的推行使深港两地通关效率得到迅速提高，也促使深圳口岸成为零关税货物主要转关进口地。