一是对发展现代物流业认识不足。一些行政管理部门对现代物流的作用及其规律认识不足，对发展现代物流产业缺乏积极性，在人财物的投放上力度不够、措施不多、管理不力。部分生产企业受现行经营体制的制约或固守传统的思维定式，物流活动由企业内部组织完成，不愿将业务委托给专业性物流企业，造成低水平的重复建设，流通成本居高不下。许多仓储企业对利用现代手段进行管理认识不足，还是按照传统习惯进行管理，信息化管理水平低，实力无法增强，经营效益不佳。

    二是物流企业服务层次较低。如全国不少保税区的大多数物流企业处于传统物流经营阶段，规模小、效率低，而且服务项目有限，只能提供单项营运，挂着“物流”名称从事传统运输业，无法提供完整的诸如流程网络设计以及货物购、运、调、存、管、加工和配送全过程服务，市场竞争停留在低层次的基本运输服务上。而仓储业务也还主要停留在承接仓储业务的简单层次，服务的延伸不到位。

    三是物流管理手段落后。目前，保税区物流企业基本上还处于粗放式经营，运输资源分散导致物流成本难以降低，企业效益难以提高。物流企业信息化管理手段落后，应用层次较低，不能有效地运用网络信息和电子技术进行现代化管理，更缺乏规模较大、专业性较强和经营比较规范的第三方物流企业。

    四是物流管理人才严重缺乏。现代物流作为一个新兴产业在保税区尚处于起步阶段，物流从业人员普遍缺乏系统的物流知识，其专业素质和保税区物流发展需要存在较大差距。